2010年经教育部批准开设临床医学统筹实验班“南山班”，2012年入选教育部第一批卓越医生教育培养计划项目，2013年获批广东省高等学校试点学院，2015年获批广东省拔尖创新医学人才培养项目。南山班坚持以“南山精神”为引领，积极践行“IMH”[I是Innovation（创新），M是Mission（使命），H是Humanity（人文）]人才培养理念，由“共和国勋章”获得者钟南山院士亲自担任班主任，全面实施“选拔制、学长制、导师制，小班小组化、国际化、个性化，融合器官系统疾病课程体系、融合临床实践和科研创新体系、融合育人团队”等特色拔尖创新医学人才培养模式改革。南山班构建了“以疾病为中心”的“基础-临床-预防-人文多学科+”纵横贯通的器官系统整合课程体系，充分依托广州医科大学、广州实验室、国家呼吸医学中心、呼吸疾病全国重点实验室等优质资源平台和导师资源，实施高层次人才为主体的全员全程导师制，配备专项支撑导师，组建“高水平导师-研究生-本科生”科研创新学术共同体，以科研项目为驱动，实现学生科研实践100%“三早”；充分利用剑桥大学、香港李嘉诚医学院等全球性优质资源，实现南山班学生100%国际化交流培养，助力具有持续发展能力的拔尖创新型临床医学人才的成长成才。

2024年开始临床医学“5+X”一体化招生，开展临床医学本硕博贯通培养。