南山学院为广东省高等学校试点学院、广东省高等学校拔尖创新人才培养项目，下设临床医学专业统筹实验班（简称“南山班”）。南山班2010年经教育部批准成立，由“共和国勋章”获得者钟南山院士担任班主任，实施“三制三化三融合”人才培养模式改革，培养具有持续发展能力的拔尖创新医学人才。

     金域检验学院是国家首批现代产业学院。学院构建产学研一体化的校企协同育人模式，打造与国际接轨的校企院教学和科研平台，实行全程导师制，配套校企协同人才培养方案，培养具有岗位胜任能力及医学研究能力的高素质应用型医学检验人才。

     药学卓越班是广东省创新强校工程项目“药学专业综合改革试点”，依托药学复合型人才培养实验区平台，以个性化培养的一对一导师制为特色，培养具有国际视野并适应粤港澳大湾区生物医药需求的拔尖创新人才。目前已与境外多所高校（香港中文大学、香港浸会大学、英国伯明翰大学、美国圣约翰大学）开展了夏令营等联合人才培养，与圣约翰大学签署了“4+2”本硕一体化人才培养合作协议。

     生物技术卓越班由广州医科大学-中国科学院广州生物医药与健康研究院联合共建，以医理交叉融合为培养特色，构建校院协同育人培养模式，实行个性化教育，培养契合粤港澳大湾区建设需求，掌握医学知识、生物技术前沿理论和产业动态，具有科学研究和创新创业能力的高素质生物技术卓越人才。

     基础医学拔尖创新班 依托呼吸疾病国家重点实验室等国家级科研平台，以“基础-临床贯通融合、医工文理多学科交叉”为特色，采取“5+5”本-硕博两段式培养模式，实施“一对一”导师制下的精英化教育，科教协同，培养具有扎实的医学和生命科学理论基础及卓越的创新实践能力、满足未来高等医学教育及国家医学科技创新重大需求的拔尖人才。